Urs Aeberhard studierte am Konservatorium seiner Vaterstadt Bern Musik mit Lehrdiplomabschlüssen Orgel, Klavier und Sologesang.
Nach dem Orgelkonzertdiplom (Lehrer: Edwin Peter), das ihm mit Auszeichnung verliehen wurde, folgten Studien in Paris bei Marie-Claire Alain und Daniel Roth. Seit 1999 ist Aeberhard Organist an der Reformierten Stadtkirche Solothurn und beschäftigt sich intensiv mit der Musik des 19. und frühen 20. Jahrhunderts. Radio- und CD-Aufnahmen.